A preocupação de Claret pela formação dos sacerdotes o acompanhou ao longo de toda sua vida. Em seus anos de Vic conheceu um clero numeroso e, talvez por isso, com frequência ocioso ou entregue ao jogo e à caça. Em Canárias se encontrou com sacerdotes deficientemente formados e pouco entregues ao seu ministério. Em Cuba a deficiente formação intelectual ia às vezes acompanhada com a miséria econômica e degradação moral. E naturalmente percebeu o escândalo que este tipo de sacerdote causava às vezes no povo fiel.
Claret conhecia por experiência o impacto negativo que produz um sacerdote quando reduz sua vocação de pastor a uma mera profissão ou se deixa vencer pelo “carreirismo”. Mas ele, antes de abandonar-se a críticas ineficazes, concentra sua atenção no procurar uma boa seleção dos candidatos ao ministério e no assegurar sua formação. Em Santiago de Cuba revitalizou o estéril seminário existente e, durante seus anos de Madri, estabeleceu no Escorial um seminário modelo tanto no intelectual como no espiritual e pastoral. Para este seminário compôs a obra “O Colegial Instruído”, excelente manual educativo para os que se preparam ao sacerdócio. Nele, além de explicar as qualidades que se requerem, insiste naquilo que o bom sacerdote deve cultivar, caminhando com os dois pés: a virtude e a ciência. Ou dito com outras palavras: deve voar com as asas da oração e do estudo.
Claret estava muito consciente de que a virtude faz com que o sacerdote purifique suas motivações e viva os valores humanos e evangélicos próprios da vocação recebida: honradez, transparência, autocontrole, capacidade de entrega, oração, castidade, pobreza, obediência, etc. E a ciência prepara o pastor para este permanente diálogo entre a fé e a cultura, sem o qual não há evangelização possível.