O mosteiro do Escorial havia sido vítima de sucessivas exclaustrações durante a primeira metade do século XIX. Depois da expulsão dos monges aconteceram saques e roubos. Isabel II lamentava a decadência do culto da basílica, assim como o abandono em que se encontravam partes do edifício ocupadas em outros tempos pela comunidade monástica e pelas atividades que atendia o seminário e o colégio.
Aproveitando um momento de relativa bonança política, durante o governo dos ‘moderados’, a Rainha encarregou o Padre Claret de dar vida àquela maravilha arquitetônica. Foi nomeado Presidente do Escorial no dia 5 de agosto de 1859. Imediatamente começou a estabelecer ali diversas instituições, atendendo a intenção fundacional do mosteiro e as necessidades da época. Em outubro já bem organizada, iniciou seu funcionamento uma Corporação de Capelães que dignificou o culto da basílica. Em 1860 criou um seminário interdiocesano de um nível intelectual e espiritual insólito para a época; e em 1861 fundou um colégio de segundo grau; finalmente em 1866 iniciou o colégio universitário.
Elementos antimonárquicos e anticlericais foram inimigos de tudo o que ia surgindo no Escorial. Claret foi acusado no Parlamento de investir mal os bens e fundos da Instituição e de que o colégio não estava de acordo com as leis vigentes, etc. Os ciúmes de alguma autoridade eclesiástica também lhe deram muito sofrimento. E, dentro de casa, não foi fácil para um grupo de sacerdotes seculares levarem vida quase monástica, para a qual não tinham vocação nem formação.
Claret, muito acostumado a sofrer perseguições e enfrentar dificuldades, sente que sua resistência tinha também limites. Mas não se decide por si mesmo deixar o cargo, mas consulta seu confessor, D. Paládio Currius; e não deseja abandonar as coisas simplesmente, pensa em possíveis soluções para que não se perca o bem que já se está fazendo. Em meio ao cansaço, Claret pratica a prudência e procura uma saída positiva.