La preoccupazione di Claret per la formazione dei sacerdoti lo accompagnò per tutta la sua vita. Nei suoi anni di Vic conobbe un clero oltremodo abbondante e, forse per questo, con frequenza ozioso o dedito al gioco e alla casa. Nelle Canarie si trovò con sacerdoti non sufficientemente formati e poco dediti al loro ministero. A Cuba la non buona formazione intellettuale era a volte accompagnata da miseria economica e dal degrado morale. E naturalmente percepì lo scandalo che questo tipo di sacerdote a volte causava nel popolo fedele.
Claret sapeva per esperienza l’impatto negativo che produce un sacerdote quando riduce la sua vocazione di pastore a una mera professione o si lascia vincere dal «carrierismo». Lui però, invece di lasciarsi andare a critiche inefficaci, concentra la sua attenzione sul fare una buona selezione dei candidati al ministero e assicurare la loro formazione. A Santiago di Cuba ridiede vita allo sterile seminario esistente, e, durante i suoi anni di Madrid, stabilì ne El Escorial un seminario modello sia nella formazione intellettuale come in quella spirituale e pastorale. Per questo seminario scrisse l’opera Il Collegiale Istruito, eccellente manuale educativo per coloro che si preparano al sacerdozio. In esso, oltre a spiegare le qualità che si richiedono, insiste sul fatto che il buon sacerdote deve camminare con due piedi: la virtù e la scienza. O detto in altro modo: deve volare con le ali della preghiera e dello studio.
Claret era molto consapevole che la virtù fa si che il sacerdote purifichi le sue motivazioni e viva i valori umani ed evangelici propri della vocazione ricevuta: onestà, trasparenza, autocontrollo, capacità di donarsi, preghiera, castità, povertà, obbedienza, ecc. E la scienza prepara il pastore ecclesiale a questo permanente dialogo tra la fede e la cultura, senza la quale non vi è evangelizzazione possibile.