Le monastère de l’Escurial avait été victime des successives sécularisations au cours de la première moitié du XIXème siècle. À l’expulsion des moines avaient suivis des saccages et des pillages. Isabelle II lamentait la décadence du culte de la basilique, tout comme l’abandon dans lequel se trouvaient les zones de l’édifice occupées en autre temps par la communauté monastique et par les activités qu’elle procurait (séminaire et collège).
Profitant un moment de relative accalmie politique (gouvernement des « modérés »), la Reine chargea le P. Claret de donner vie à cette merveille architectonique. Il fut nommé Président de l’Escurial le 5 août, 1859. Immédiatement il commença à y établir plusieurs institutions, tenant compte de l’intention lors de la fondation du monastère et des besoins de l’époque. En octobre il initia, déjà, son fonctionnement, bien organisée, une Corporation de Chapelains dignifiant le culte de la basilique. En 1860 il créa un séminaire supra-diocésain d’un niveau intellectuel et spirituel insolite à cette époque-là ; et en 1861 il fonda le collège d’enseignement secondaire ; finalement en 1866 initia son cours le collège universitaire.
Éléments antimonarchiques et anticléricaux furent ennemis de tout ce qui se produisait à l’Escurial. Claret fut accusé au Parlement de gaspiller des biens et des fonds, et de que le collège n’accomplissait la légalité en vigueur, etc. Les jalousies d’une certaine autorité ecclésiastique aussi l’ont fit souffrir beaucoup. Et, à l’intérieur, ce ne fut pas facile à un groupe de prêtres séculiers mener une vie quasi-monastique, pour laquelle ils n’avaient point de vocation ni formation.
Claret, très avisé à souffrir des persécutions et faire face aux difficultés, ressent que sa résistance avait aussi des limites. Mais il ne décida par lui-même s’enlever la charge, mais il consulta son confesseur, M. Paladio Curríus ; et il ne voulut pas la laisser dans une difficulté : il pense à des possibles solutions afin que le bien que déjà est en train de se faire, ne se perde pas. En pleine fatigue, Claret pratique la prudence et cherche une issue positive.