La préoccupation de Claret concernant la formation des prêtres l’accompagna tout au long de sa vie. Lors de ses années à Vic il connut un clergé trop abondant et, à cause de cela, fréquemment oisif ou adonné au jeu et à la chasse. Aux Canaries il trouva des prêtres déficients dans leur formation et peu adonnés à leur ministère. À Cuba, la déficiente formation intellectuelle allait parfois accompagnée de misère financière et dégradation morale. Et naturellement il perçut le scandale que ce genre de prêtre causait parfois au peuple fidèle.
Claret connaissait par expérience l’impact négatif que produit un prêtre lorsqu’il réduit sa vocation de pasteur à une simple profession ou il se laisse vaincre par le « carriérisme ». Mais lui, au lieu de s’adonner aux critiques inefficaces, il concentre son attention à procurer une bonne sélection des candidats au ministère et à assurer leur formation. À Santiago de Cuba il revitalisa le stérile séminaire existant, et, pendant ses années à Madrid, il établit à l’Escurial un séminaire modèle aussi bien dans l’aspect intellectuel que dans l’aspect spirituel et pastoral. Pour ce séminaire il écrivit l’ouvrage « El Colegial instruido » (Le collégial instruit), excellent manuel d’éducation pour ceux qui se préparent au sacerdoce. Dans celui-ci, outre expliquer les qualités dont ils ont besoin, il insiste sur le fait que le bon prêtre doit cheminer avec deux pieds : la vertu et la science. Ou dit avec un autre semblable : il doit voler avec les ailes de la prière et l’étude.
Claret est très conscient que la vertu fait en sorte que la prêtre purifie ses motivations et vive les valeurs humaines et évangéliques propres à la vocation reçue : honnêteté, transparence, autocontrôle, capacité de don, prière, chasteté, pauvreté, obéissance, etc. Et la science dresse le pasteur ecclésial à ce permanent dialogue entre la foi et la culture, sans lequel il n’y a pas d’évangélisation possible.