La preocupación de Claret por la formación de los sacerdotes lo acompañó a lo largo de toda su vida. En sus años de Vic conoció un clero demasiado abundante y, quizá por ello, con frecuencia ocioso o entregado al juego y a la caza. En Canarias se encontró con sacerdotes deficientemente formados y poco entregados a su ministerio. En Cuba la deficiente formación intelectual iba a veces acompañada de miseria económica y degradación moral. Y naturalmente percibió el escándalo que ese tipo de sacerdote causaba a veces en el pueblo fiel.
Claret sabía por experiencia el impacto negativo que produce un sacerdote cuando reduce su vocación de pastor a una mera profesión o se deja vencer por el “carrierismo”. Pero él, más que abandonarse a críticas ineficaces, concentra su atención en procurar una buena selección de los candidatos al ministerio y en asegurar su formación. En Santiago de Cuba revitalizó el estéril seminario existente, y, durante sus años de Madrid, estableció en El Escorial un seminario modélico tanto en lo intelectual como en lo espiritual y pastoral. Para este seminario compuso la obra “El Colegial Instruido”, excelente manual educativo para los que se preparan al sacerdocio. En él, además de explicar las cualidades que se requieren, insiste en que el buen sacerdote debe caminar con dos pies: la virtud y la ciencia. O dicho con otro símil: debe volar con las alas de la oración y el estudio.
Claret era muy consciente de que la virtud hace que el sacerdote purifique sus motivaciones y viva los valores humanos y evangélicos propios de la vocación recibida: honradez, transparencia, autocontrol, capacidad de entrega, oración, castidad, pobreza, obediencia, etc. Y la ciencia adiestra al pastor eclesial para ese permanente diálogo entre la fe y la cultura, sin el cual no hay evangelización posible.